สืบเนื่องจากการที่คณะสงฆ์เถรวาทในประเทศไทยได้มีการจัดตั้งสำนักเรียนพระปริยัติธรรม ทั้งแผนกธรรมและแผนกบาลีขึ้นอย่างแพร่หลาย สมเด็จพระมหาวีรวงศ์ทรงเล็งเห็นถึงความสำคัญของการศึกษาพระปริยัติธรรมสำหรับคณะสงฆ์อนัมนิกาย จึงมีพระดำริสอบถามมายังสำนักเขตการศึกษาพระปริยัติธรรม แผนกสามัญศึกษา เขต 14 ให้เร่งรัดดำเนินการจัดตั้งสำนักเรียนสำหรับคณะสงฆ์อนัมนิกายขึ้นโดยเฉพาะ

ในสมัยที่ พระมหาคณานัมธรรมวชิรานุวัตร (ณรงค์ ติ่นเรียน) ดำรงตำแหน่งเจ้าคณะใหญ่อนัมนิกาย ท่านเจ้าคณะใหญ่ฯ ได้รับสนองพระดำริดังกล่าว และได้มอบหมายให้ องสรพจนสุนทร (พิสิษฐ์ เถี่ยนบ๊าว ดร.) ผู้ช่วยปลัดขวาอนัมนิกาย เป็นผู้รับผิดชอบในการดำเนินการยื่นเรื่องขอจัดตั้งสำนักเรียนอย่างเป็นทางการ โดยได้เริ่มดำเนินการมาตั้งแต่เดือนตุลาคม พ.ศ. 2567

ความพากเพียรพยายามได้สำเร็จลุล่วงด้วยดี สำนักเรียนได้รับการอนุมัติและจัดตั้งขึ้นอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 20 ธันวาคม พ.ศ. 2567 ในนาม "สำนักเรียนคณะสงฆ์อนัมนิกาย" โดยในปีการศึกษาแรก มีพระภิกษุสามเณรและพุทธศาสนิกชนให้ความสนใจสมัครเข้าสอบนักธรรมและธรรมศึกษา ในระดับชั้นตรี โท และเอก เป็นจำนวนถึง 800 รูป/คน

ในระยะแรกเริ่ม สำนักเรียนคณะสงฆ์อนัมนิกายมีที่ทำการตั้งอยู่ ณ วัดสมณานัมบริหาร เลขที่ 416 ถนนลูกหลวง แขวงสี่แยกมหานาค เขตดุสิต กรุงเทพมหานคร ต่อมา เพื่อความเหมาะสมและเอื้อต่อการขยายการดำเนินงานด้านการศึกษา จึงได้ย้ายที่ทำการมายังที่ตั้งปัจจุบัน ณ วัดธรรมปัญญารามบางม่วง เลขที่ 108/8 บ้านบางม่วง หมู่ที่ 8 ซอยโรงเจ ตำบลบางช้าง อำเภอสามพราน จังหวัดนครปฐม 73110 มาจนถึงปัจจุบัน

สำหรับการบริหารงานในปัจจุบัน พระมหาคณานัมธรรมวชิรานุวัตร (ณรงค์ ติ่นเรียน) เจ้าคณะใหญ่อนัมนิกาย ได้มอบหมายให้ พระสมณานัมราชวชิราจารย์ (เดชาธร เกวิ๊กซัน) ผู้ช่วยเจ้าคณะใหญ่ฝ่ายซ้ายอนัมนิกาย ปฏิบัติหน้าที่แทนเจ้าสำนักเรียนคณะสงฆ์อนัมนิกาย